Gunter Berger erhielt seine musikalische Ausbildung in den Fächern Schulmusik und Orchesterdirigieren an den Musikhochschulen Weimar und Leipzig.
Seit 1990 widmet er sich hauptsächlich der Chormusik sowohl mit Kindern als auch mit Erwachsenen. Als Leiter des MDR Kinderchores von 1990 bis 2011 führte er diesen zu europäischer Geltung. Darüber hinaus arbeitete er beispielsweise mit dem Gewandhauschor Leipzig, mit der Berliner Cappella und vielen anderen Ensembles zusammen.
Seit der Spielzeit 2012/13 leitet Gunter Berger als Chordirektor die Philharmonischen Chöre Dresden. In dieser Zeit erweiterte er das Ausbildungsangebot und Repertoire für die jungen und erwachsenen Choristen maßgeblich. In seinen vielfältigen Programmen präsentiert er dem Publikum neben den bekannten auch immer wieder vergessene oder neue Werke, die den Konzertplan der Dresdner Philharmonie bereichern. Zu den besonderen Höhepunkten zählten in den letzten Jahren neben dem Eröffnungskonzert des neuen Konzertsaals im Kulturpalast sowie der Aufführung von Mahlers 8. Sinfonie insbesondere das Festkonzert zum 50. Jubiläum der Philharmonischen Chöre.
Immer steht für ihn die Individualität jeder einzelnen Chorpersönlichkeit im Fokus. "In einem Chor ist jede Stimme wichtig. Wenn es gelingt, diese stimmliche Individualität gepaart mit den ganz eigenen Emotionen zum Leben zu erwecken, entstehen Momente intensivsten musikalischen Erlebens. Dieses Erleben mit unserem Publikum zu teilen und mit ihm in einen geistigen und emotionalen Austausch zu treten, ist für mich das Ziel jedes Konzertes."