Prof. Benedikt Hübner studierte an der Hochschule für Musik und Theater Leipzig bei Prof. Achim Beyer und Prof. Frithjof M. Grabner. Außerdem absolvierte er das Konzertexamen bei Prof. Esko Laine an der HfM „Hanns Eisler“ in Berlin. Wesentliche Anregungen bekam er auch bei Prof. Duncan McTier.
Nach Substitutentätigkeiten beim Gewandhausorchester Leipzig und der Sächsischen Staatskapelle Dresden trat er 2004 sein erstes festes Engagement bei der Sächsischen Staatskapelle Dresden an. 2007 wurde er 1. Solo-Kontrabassist der Dresdner Philharmonie.
Darüberhinaus spielte er als Gast auf der Soloposition in Orchestern wie dem WDR-Sinfonieorchester, der Staatskapelle Berlin, dem Konzerthausorchester Berlin, der Deutschen Oper Berlin sowie bei den Münchner Philharmonikern. Er wirkte auch beim Leipziger Kammermusikfestival „Con Spirito“ mit.
Benedikt Hübner ist Preisträger verschiedener internationaler Wettbewerbe, u.a. 2. Preis und Publikumspreis beim Internationalen Johann-Matthias-Sperger-Wettbewerb Ludwigslust 2004 und 1. Preis beim Internationalen Musikwettbewerb Markneukirchen 2005.
Auch trat er als Solist mit unterschiedlichen Orchestern auf, z.B. bei der Chursächsischen Philharmonie Bad Elster, beim Kurpfälzischen Kammerorchester, den Brandenburger Sinfonikern und dem Philharmonischen Kammerorchester Dresden.
Benedikt Hübner gab verschiedene internationale Meisterkurse, z.B. in Hong Kong, Shanghai und Rio de Janeiro, sowie bei der Internationalen Bass Convention Bass2015 in Prag, wo er auch als Solist auftrat.
Zusätzlich zu seiner Tätigkeit bei der Dresdner Philharmonie war Benedikt Hübner in den Jahren 2015 - 2021 als Professor für Kontrabass an der Hochschule für Musik „Carl Maria von Weber“ Dresden tätig.
Er spielt einen Kontrabass des englischen Geigenbaumeisters William Booth aus dem Jahr 1830.