Sebastian Freitag wirkt seit 2022 als Domorganist an der Dresdner Kathedrale (ehemalige Hofkirche) und spielt dort die Gottfried-Silbermann-Orgel von 1755, das letzte und größte Instrument aus der bekannten Traditionswerkstatt. Zuvor war er von 2013 bis 2022 als Dekanatskirchenmusiker in Paderborn tätig und von 2011 bis 2013 als dortiger Interims-Domorganist.
Von 2017 bis 2021 hatte er einen Lehrauftrag für Orgel an der Universität Paderborn inne, seit dem Wintersemester 2024/25 unterrichtet er als Lehrbeauftragter Liturgisches Orgelspiel und Orgelliteraturspiel an der Hochschule für Kirchenmusik in Dresden.
Im Jahr 2018 brachte Sebastian Freitag in Paderborn in 15 Konzerten das gesamte Orgelwerk Johann Sebastian Bachs zur Aufführung. 2019 folgte die Gesamtaufführung der Orgelwerke von César Franck, 2021 das Gesamtwerk von Dietrich Buxtehude.
Sebastian Freitag studierte Kirchenmusik (A-Examen) und Orgel (Konzertexamen) an der Hochschule für Musik in Detmold bei Gerhard Weinberger, Martin Sander sowie Tomasz Adam Nowak.